مرگ کوروش نیز چون تولدش به تاریخ تعلق ندارد. هیچ روایت قابل اعتمادی که از چگونگی مرگ کوروش سخن گفته باشد در دست نداریم و لیکن از شواهد چنین پیداست که کوروش در اواخر عمر برای آرام کردن نواحی شرقی کشور که در جریان فتوحاتی که او در مغرب زمین داشت ناآرام شده بودند و هدف تهاجم همسایگان شرقی قرار گرفته بودند به آن مناطق رفته است و شش سال در شرق جنگیده است. بسیاری از مورخین ، علت مرگ کوروش را کشته شدنش در جنگی که با قبیله ی ماساژتها ( یا به قولی سکاها ) کرده است دانسته اند. ابراهیم باستانی پاریزی در مقدمه ای که بر ترجمه ی کتاب « ذوالقرنین یا کوروش کبیر » نوشته است ،  آنچه بر پیکر کوروش پس از مرگ می گذرد را اینچنین شرح می دهد :
سرنوشت جسد کوروش در سرزمین سکاها خود بحثی دیگر دارد. بر اثر حمله ی کمبوجیه به مصر و قتل او در راه مصر ، اوضاع پایتخت پریشان شد تا داریوش روی کار آمد و با شورش های داخلی جنگید و همه ی شهرهای مهم یعنی بابل و همدان و پارس و ولایات شمالی و غربی و مصر را آرام کرد. روایتی بس موثر هست که پس از بیست سال که از مرگ کوروش می گذشت به فرمان داریوش ، جنازه ی کوروش را بدینگونه به پارس نقل کردند.
 شش ساعت قبل از ورود جنازه به شهر پرسپولیس ( تخت جمشید ) ، داریوش با درباریان تا بیرون شهر به استقبال جنازه رفتند و جنازه را آوردند. نوزاندگان در پیشاپیش مشایعین جنازه ، آهنگهای غم انگیزی می نواختند ، پشت سر آنان پیلان و شتران سپاه و سپس سه هزارتن از سربازان بدون سلاح راه می پیمودند ، در این جمع سرداران پیری که در جنگهای کوروش شرکت داشته بودند نیز حرکت می کردند. پشت سر آنان گردونه ی باشکوه سلطنتی کوروش که دارای چهار مال بند بود و هشت اسب سپید با دهانه یراق طلا بدان بسته بودند پیش می آمدند. جسد بر روی این ردونه قرار داشت. محافظان جسد و قراولان خاصه بر گرد جنازه حرکت می کردند. سرودهای خاص خورشید و بهرام می خواندند و هر چند قدم یک بار می ایستادند و بخور می سوزاندند. تابوت طلائی در وسط گردونه قرار داشت. تاج شاهنشاهی بر روی تابوت می درخشید ، خروسی بر بالای گردونه پر و بال زنان قرار داده شده بود – این علامت مخصوص و شعار نیروهای جنگی کوروش بوده است. پس از آن سپهسالار بر گردونه جنگی ( رتهه ) سوار بود و درفش خاص کوروش را در دست داشت. بعد از آن اشیا و اثاثیه ی زرین و نفایس و ذخایری که مخصوص کوروش بود –  یک تاک از زر و مقداری ظروف و جامه های زرین – حرکت می دادند.
همین که نزدیک شهر رسیدند داریوش ایستاد و مشایعین را امر به توقف داد و خود با چهره ای اندوهناک ،‌ آرام بر فراز گردونه رفت و بر تابوت بوسه زد ؛ همه ی حاضران خاموش بودند و نفس ها حبس گردیده بود. به فرمان داریوش دروازه های قصر شاهی ( تخت جمشید ) را گشودند و جنازه را به قصر خاص بردند. تا سه شبانه روز مردم با احترام از برابر پیکر کوروش می گذشتند و تاجهای گل نثار می کردند و موبدان سرودهای مذهبی می خواندند.
روز سوم که اشعه ی زرین آفتاب بر برج و باروهای کاخ باعظمت هخامنشی تابید ، با همان تشریفات جنازه را به طرف پاسارگاد – شهری که مورد علاقه ی خاص کوروش بود -  حرکت دادند. بسیاری از مردم دهات و قبایل پارسی برای شرکت در این مراسم سوگواری بر سر راهها آمده بودند و گل و عود نثار می کردند.
در کنار رودخانه ی کوروش ( کر) مرغزاری مصفا و خرم بود. در میان شاخه های درختان سبز و خرم آن بنای چهار گوشی ساخته بودند که دیوارهای آن از سنگ بود.
هنگامی که پیکر کوروش به خاک می سپردند ، پیران سالخورده و جوانان دلیر ، یکصدا به عزای سردار خود پرداختند. در دخمه مسدود شد ، ولی هنوز چشمها بدان دوخته بود و کسی از فرط اندوه به خود نمی آمد که از آن جا دیده بردوزد. به اصرار داریوش ،  مشایعین پس از اجرای مراسم مذهبی همگی بازگشتند و تنها چند موبد برای اجرای مراسم مذهبی باقی ماندن.

اما من موتقد هستم باید از ریش سفیدانی که در روستاها هستند سوال کرد

روزی از مهندس یهنژاد سوال کردم بنظر شما چی کار باید کرد با این علامت های سوال گفت:

از آنجا که اهل تبریزم روزی در روستاهای دور افتاده آنجا با چهار پیر مرد که با هم گفت گو میکردند هم صحبت شدم آنان واقا اطلاعات زیادی داشتند یکیشون می گفت که پدر بزرگش می گفته : کوروش در جنگ مقابل سکالار (سکاها به فارسی امروزی) شکست خورد و کوروش زنده دسگیر شد، فرمانده سکالار که یک زن بود  دستور داد تا کوزه ای پر از خون آماده کنن تا کوروش بخورد ، چرا که وی را یک خون خوار و عاشق خون می دانستند ، کوروش را آنقدر نوشاندند تا اینکه مرد ، مهندس گفت :پسر آره نظر من هم اینه ، همین درسته

گفتم: تو مدرک نداری

گفت: حتی من پاسارگاد رو هم مقبره اون نمی دونم  200،300 سال پیش آلمانی ها ساختند  و شده مقبره کوروش

گفتم : پس گفته های هرودوت و  گزنفون چی میشن؟

سکوت را اختیار کرد و البته خیلی گفت و گو کردیم که جایز نمی دانم بنویسم

ولی شاید با آنکه مهندس بود ولی چون خیلی تعصب داشت و طرفدار ماد بود  این طور برخورد میکرد .enik

من به شخصه نمی دانم کدام را انتخاب کنم آن طور که از این قضیه معلام است این است که داستان کوروش سینه به سینه چرخیده مانند تمام هنرهای قدیم بمانند هنر گنبد سازی ، حجاری ، معماری و ، ... پس بنظر بهتر است که جواب را علامت سوال بدانیم  (؟) enik